|
|
Detekce mutace genu HSF4 způsobující hereditární kataraktu u ovčáckých psů
VOKÁLKOVÁ, Lenka
Hereditární katarakta patří mezi jedno z nejčastějších onemocnění očí u ovčáckých plemen psů. Jedná se o závažné onemocnění, které způsobuje zhoršení zraku psa. Při zanedbání může vést až ke slepotě. Hereditární katarakta se projevuje bilaterálním zákalem oka. Průběh onemocnění je různý a počátek nemoci může nastat v jakémkoliv věku psa. Vznik katarakty může být důsledkem jiné oční vady nebo poraněním oka. V tomto případě se jedná o sekundární kataraktu. Primární katarakta je řízena geny. Kandidátním genem pro vznik hereditární katarakty je gen HSF4. Tento gen hraje důležitou roli v imunitním systému. Kóduje proteiny tepelného šoku, které chrání buňku před nepříznivými vlivy vnějšího prostředí, jako jsou například vysoká teplota nebo UV záření. Kromě toho se také podílí na vývoji vláken oční čočky. Mutace v exonu 9 genu HSF4 způsobuje degradaci těchto vláken a tím vzniká šedý zákal. Hereditární katarakta je závažné onemocnění, které se často léčí chirurgicky implantací oční čočky. Proto je důležitá včasná diagnostika a vyřazení postižených jedinců z chovu, aby nedošlo přenosu onemocnění do další generace. Detekcí mutace genu HSF4, způsobující kataraktu se zabývám v mé diplomové práci. Jako vhodnou metodu pro detekci mutace genu HSF4 byla zvolena fragmentační analýza. Mutace spočívá v inzerci jednoho nukleotidu C. Fragmentační analýza dokáže velmi přesně určit délku amplifikovaného fragmentu a umožňuje odlišit i fragment lišící se pouze v jedné bázi. V praktické části bylo vyšetřeno celkem sto vzorků psů plemen australský ovčák, německý ovčák, border kolie a dlouhosrstá a krátkosrstá kolie. Pouze jeden pes byl vyhodnocen jako přenašeč hereditární katarakty. Jednalo se o psa plemene australský ovčák Tři vzorky psů nebylo možné vyhodnotit, nejspíše z důvodu špatného odběru vzorku nebo degradace DNA. Zbytek vyšetřovaných psů (96 vzorků) byl vyhodnocen jako zdravý jedinec.
|
|
|
Studium časné kancerogeneze u spinoceluárního karcinomu hlavy a krku.
Kastner, Jan ; Betka, Jan (vedoucí práce) ; Salzman, Richard (oponent) ; Smilek, Pavel (oponent)
Spinocelulární karcinom hlavy a krku (HNSCC, head and neck squamous cell carcinoma) je nejčastějším zhoubným nádorem ORL oblasti. Prognostické a prediktivní informace, získané na podkladě molekulárně genetického rozboru procesu kancerogeneze u HNSCC, jsou nezbytné pro zhodnocení a individualizaci léčby i výběr optimální léčebné modality. A v případě chirurgického výkonu i optimální resekce tumoru s cílem dosáhnout co nejlepší kvality života a nejdelšího přežití. Studium časné kancerogeneze (nebo též karcinogeneze) je založeno na poznání, že histologicky normální tkáň v okolí nádoru vykazuje na molekulární úrovni preneoplastické změny. Molekulárně genetické změny v histologicky normální tkáni přilehlé k nádoru tak mohou hrát zásadní roli při ozřejmění procesu kancerogeneze. Disertační práce shrnuje současné poznatky o časné kancerogenezi u spinocelulárního karcinomu hlavy a krku a uvádí molekulárně biologické trendy, které mohou přispět k detailnějšímu poznání časné fáze kancerogeneze u tohoto typu karcinomu a tím i zlepšit detekci, výhledově pak i léčbu tohoto zhoubného onemocnění. Nosným tématem práce je detekce mikrosatelitních lézí pomocí fragmentační analýzy ve tkáni nádorové, ve tkáních nenádorových v blízkosti nádoru a ve tkáni dostatečně vzdálené od nádoru. Výsledky práce přispívají k potvrzení...
|
|
|
Fragment analysis represents a suitable approach for the detection of hotspot c.7541_7542delCT NOTCH1 mutation in chronic lymphocytic leukemia
VONKOVÁ, Barbara
Chronic lymphocytic leukemia is the most common type of leukemia in adults in western countries. Despite the continual improvement of diagnostic methods and treatment, it still remains incurable. One of the main characteristic features of CLL is its clinical and biological variability. In present, the analysis of prognostic genetic markers is the most useful tool for understanding biology and clinical course of the disease and consequently the individual type of treatment. The presence of a NOTCH1 mutation is connected with shortened survival and resistance to conventional chemo-immunotherapy. In this thesis, we examined CLL patients with c.7541_7542delCT NOTCH1 mutation and the most sensitive and specific method was identified. We compared nowadays most commonly used methods: allele-specific PCR, fragment analysis and Sanger sequencing.
|
|
|
Morfologická plasticita chrpy luční \kur{(Centaurea jacea L.).}
KARÁSEK, Jakub
Byl zkoumán rozsah morfologické plasticity chrpy luční (Centaurea jacea L.). Plasticita populací podruhu Centaurea jacea subsp. jacea v jižních Čechách byla porovnána s variabilitou celého druhu v širším areálu. Byl prokázán překryv lokálních druhů s oběma poddruhy. Byly nalezeny korelace determinačních znaků a faktorů prostředí. Molekulární analýza pomocí metody ISSR nenalezla rozdíly mezi podruhy. Pro definitivní rozluštění podstaty podruhů je nutné provést navazující studii.
|
|
|
Možnosti využití molekulárních metod pro studium populační genetiky raka říčního Astacus astacus
ŠABATA, Jakub
Rak říční (Astacus astacus) je jeden ze dvou původních druhů raků žijících u nás, kteří jsou na celém našem území přísně chráněni, protože jsou označeni za kriticky ohrožený druh. V Evropě je to jeden z pěti původních druhů raků, zaznamenán organizací IUCN jako ohrožený druh, který potřebuje ochranný management. Jeho populace byly rapidně sníženy kvůli račímu moru, který přenášejí nepůvodní druhy raků ze Severní Ameriky, kteří byli v minulosti zavlečeni do Evropy a posléze i do České republiky. V minulosti byly izolovány a popsány mikrosatelitní markery pro raka říčního (Koiv a kol., 2008a). V rámci této práce bylo testováno použití těchto osmi mikrosatelitních markerů na vzorcích získaných z českých populací raka říčního. Testování jsme provedli na 53 vzorcích raků ze šesti populací. Testování vzorků bylo provedeno izolací DNA z tkáně třetí kráčivé končetiny pomocí DNA Lego Kitu. Následným ověřením izolátu DNA elektroforézou na agarózovém gelu. Testování teplotního cyklu PCR amplifikace vycházelo z původní publikace Koiva a kol. (2008a), následně byl PCR cyklus upravován podle kvality PCR produktů získaných v naší laboratoři. Jako nejvýhodnější byla zvolena teplota annealing primerů 60°C pro šest testovaných lokusů tj. Aas 3666, Aas 3115, Aas 790, Aas 1198, Aas 3950 a Aas 766, pro další dva lokusy Aas 2489 a Aas 3040 byla zvolena teplota annealingu 55°C. Výsledné produkty PCR byly testovány na agarózovém gelu a následně byly fragmentační analýzou na automatickém sekvenátoru Beckman Coulter CEQ8000 určovány délky PCR produktů v multiplexech složených z několika lokusů. V jednotlivých lokusech bylo v rámci našich 53 vzorků nalezeno od 1 do 13 alel ? jeden z lokusů byl monomorfní v rámci všech analyzovaných vzorků. Největší variabilitu ukázala moravská populace na Boskovické nádrži, průměrný počet alel na lokus 3,86, poté severočeská populace z Jaroměře 3,43 alel na lokus. Zelenohorská populace 3 alely na lokus a Světlohorská populace 2,57 alel na lokus. Nejnižší průměrný počet alel na lokus měla populace z Landštejna 2,43. Cílem této bakalářské práce bylo vypracovat literární rešerši o metodách molekulární biologie využívaných při studiu raků a zároveň ověřit možnost využití 8 dosud popsaných mikrosatelitních markerů pro raka říčního. V laboratorních podmínkách se podařilo úspěšně optimalizovat použití sedmi mikrosatelitních markerů z osmi popsaných. Tyto mikrosatelitní markery by měly být použitelné pro populační studie, a nebo pro určování rodičovství (otcovství) v reprodukčních experimentech. V rámci ověřování použitelnosti mikrosatelitních markerů byly vyhodnocovány i některé základní populační charakteristiky, optimalizace a testování použitelnosti mikrosatelitních markerů však bylo prováděno jen na velmi nízkém počtu vzorků, proto tyto charakteristiky mají pouze velmi omezenou vypovídací schopnost.
|
host ::
RSS.